急性腎盂腎炎經常是由革蘭陰性桿菌所引起，約占70％以上，其中大腸埃希桿菌最為常見，其次是變形桿菌，克雷白桿菌，產氣桿菌，銅綠假單胞菌等;革蘭陽性細菌約占20％，常見的為鏈球菌和葡萄球菌，近年來研究發(fā)現(xiàn)有些大腸埃希桿菌株表面有P纖毛，其黏附素與尿路上皮細胞特異性P纖毛大腸埃希桿菌受體結合，黏附于尿路上皮引起急性腎盂腎炎，P纖毛的黏附素分為Ⅰ級，Ⅱ級，Ⅲ級，其中具有Ⅱ級黏附素的菌株與急性腎盂腎炎緊密相關，血行性感染僅約30％，多為葡萄球菌感染。

急性腎盂腎炎感染的細菌主要來自尿路上行感染，當用各種器械檢查或者經尿道手術時，細菌可由體外帶入，經尿道上行感染，但更常見的是移居于會陰部的腸道細菌經尿道，膀胱，輸尿管至腎臟。尿路梗阻和尿流停滯也是急性腎盂腎炎最常見的誘因，尿路在梗阻以上部位擴張和積液，有利于細菌繁殖，引起急性腎盂腎炎。