急性腎盂腎炎經(jīng)常是由革蘭陰性桿菌所引起，約占70％以上，其中大腸埃希桿菌最為常見，其次是變形桿菌，克雷白桿菌，產(chǎn)氣桿菌，銅綠假單胞菌等;革蘭陽性細(xì)菌約占20％，常見的為鏈球菌和葡萄球菌，近年來研究發(fā)現(xiàn)有些大腸埃希桿菌株表面有P纖毛，其黏附素與尿路上皮細(xì)胞特異性P纖毛大腸埃希桿菌受體結(jié)合，黏附于尿路上皮引起急性腎盂腎炎，P纖毛的黏附素分為Ⅰ級，Ⅱ級，Ⅲ級，其中具有Ⅱ級黏附素的菌株與急性腎盂腎炎緊密相關(guān)，血行性感染僅約30％，多為葡萄球菌感染。

急性腎盂腎炎感染的細(xì)菌主要來自尿路上行感染，當(dāng)用各種器械檢查或者經(jīng)尿道手術(shù)時，細(xì)菌可由體外帶入，經(jīng)尿道上行感染，但更常見的是移居于會陰部的腸道細(xì)菌經(jīng)尿道，膀胱，輸尿管至腎臟。尿路梗阻和尿流停滯也是急性腎盂腎炎最常見的誘因，尿路在梗阻以上部位擴(kuò)張和積液，有利于細(xì)菌繁殖，引起急性腎盂腎炎。